A educação sempre fez parte da Diocese de Juína, esta que foi criada no dia 27 de dezembro de 1997 pelo Santo Padre o Papa São João Paulo II e tendo como seu primeiro bispo Dom Franco Dalla Valle. Este mesmo, por ser de uma congregação, onde a educação faz parte do carisma, ao chegar a Juína logo vê a oportunidade de realizar a compra do antigo Colégio Sistema, ato este que se realiza no dia 27 de setembro de 1998.

No ano de 1998 se inicia as atividades do Colégio São Gonçalo de Juína. No ano de 2000, a pedido da comunidade católica de Aripuanã se iniciou, em um prédio improvisado, as atividades do Colégio São Gonçalo de Aripuanã, que graças a uma doação da Itália logo conseguiu construir o seu prédio.

No ano de 2009 Dom Neri tomou posse como o 2º bispo da diocese de Juína, após a morte de Dom Franco Dalla Valle no dia 02 de agosto de 2007. Neste período havia somente os colégios de Aripuanã e o de Juína.
No ano de 2011, após o fechamento do único Colégio particular de Brasnorte foi realizado o pedido, por um grupo de pais, à diocese de Juína para iniciar as atividades do Colégio São Gonçalo naquele município.

Foi um grande desafio, pois o que havia de estrutura era somente um local, que estava com a construção parada, que seria destinado para ser uma casa de retiro. A comunidade, juntamente com a diocese, não mediram esforços para reformar e terminar a obra para que as aulas pudessem começar no ano de 2012.

No ano de 2023, após várias reuniões se iniciou as atividades do Colégio São Gonçalo em Colniza.
Pela graça de Deus e a generosidade de muitos, este sonho se tornou realidade. Hoje temos um Colégio com ensino de referência, tradicional e com qualidade de educação, que busca cada vez melhor atender à comunidade num resgate à cidadania, com marco referencial além do conhecimento sistematizado.